พ.ศ. ๒๕๒๕ ได้รับการประกาศเกียรติคุณในฐานะผู้ทำคุณประโยชน์แก่พระพุทธศาสนา ในการฉลอง ๒๐๐ ปี กรุงรัตนโกสินทร์

พ.ศ. ๒๕๒๕ ได้รับรางวัลวรรณกรรมชั้นที่ ๑ ประเภทร้อยแก้ว สำหรับงานนิพนธ์พุทธธรรม จากมูลนิธิธนาคาร กรุงเทพฯ

พ.ศ. ๒๕๓๒ ได้รับพระราชทานโล่รางวัล "มหิดลวรานุสรณ์"

พ.ศ. ๒๕๓๒ ได้รับโล่ผู้ทำคุณประโยชน์ต่อการศึกษาในวาระครบรอบ ๒๐ ปี คณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัย เกษตรศาสตร์

พ.ศ. ๒๕๓๓ ได้รับรางวัลกิตติคุณสัมพันธ์ "สังข์เงิน" สาขาเผยแผ่พระพุทธศาสนา

พ.ศ. ๒๕๓๗ ได้รับรางวัลการศึกษาเพื่อสันติภาพ จากองค์การ ยูเนสโก (UNESCO Prize for Peace Education)

พ.ศ.๒๕๓๘ คณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ ประกาศเชิดชูเกียรติเป็น "ผู้ทรงคุณวุฒิทางวัฒนธรรม"

พ.ศ. ๒๕๔๑ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และมูลนิธิโตโยต้าประเทศไทย ถวายรางวัล TTF Award สาขาสังคมศาสตร์และมานุษยวิทยา สำหรับผลงานทางวิชาการดีเด่น หนังสือ
การพัฒนาที่ยั่งยืน

พ.ศ. ๒๕๔๔ รางวัล "สาโรช บัวศรี ปราชญ์ผู้ทรงศีล" จาก มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ

พ.ศ. ๒๕๔๔ มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง พระพรหมคุณาภรณ์ (ป. อ. ปยุตฺโต) เป็น ศาสตราจารย์พิเศษ ของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย

พ.ศ. ๒๕๔๗ มหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาแห่งโลก ถวายตำแหน่ง เมธาจารย์ (Most Eminent Scholar) แด่พระพรหมคุณาภรณ์ (ป. อ. ปยุตฺโต) ในฐานะนักปราชญ์ทางพระพุทธศาสนาสายเถรวาท